John Byington naquit à Vermont. Il était le fils d'un prédicateur méthodiste qui avait été soldat dans l'armée Révolutionnaire. John fut baptisé à l'Eglise Méthodiste à l'âge de 17 ans. Peu de temps après, il reçut une lettre de créance lui permettant d'être prédicateur laïque. Après s'être installé dans l'état de New York, il aida à bâtir une chapelle pour l'Eglise Méthodiste, vers 1837, à Buck's Bridge. Il s'engagea dans le mouvement antiesclavagiste, idéologie qui finalement créa un schisme au sein de l'Eglise Méthodiste. John devint membre de la nouvelle Eglise Méthodiste de Wesleyan et apporta son aide à la construction de ses bâtiments et son presbytère à Morley. En 1844, il entendit des sermons sur la proche venue de Christ et commença à étudier les prophécies. En 1852 H. W. Lawrence lui donna un exemplaire de la Review and Herald dans laquelle se trouvaient des articles sur le Sabbat du 7e jour. Il accepta cette vérité dans le courant de la même année et fut baptisé. Il apporta son aide à la construction de la première Eglise Adventiste du 7e jour, construite dans le but d'observer le Sabbat. James and Ellen White invitèrent les Byington à venir s'installer à Battle Creek en 1858. John acheta une ferme dans les environs et put rendre visite, en tant que pasteur, aux croyants éparpillés dans la région. En 1863, à l'âge de 65 ans, il accepta d'être le premier président de l'Eglise Adventiste du 7e jour nouvellement organisée. Il travailla en tant que simple berger et pasteur durant son mandat. Puis il retourna à sa ferme et continua ses visites aux croyants du Michigan pendant les 22 années suivantes. « Je dois nourrir les agneaux du troupeau », écrivit-il.